Евгений Петрович Бабенко родился 8 августа 1959 г. в г. Минске в семье офицера. Русский.
Отец - Петр Павлович Бабенко, полковник.
Мать - Людмила Николаевна Бабенко, инженер.
Семья переехала в Москву в 1970-х гг.
1976 г. - окончил Долгопрудненскую спецшколу при МФТИ.
1976-1978 гг. - студент медицинского училища № 5, Москва.
1978 г. - медбрат станции неотложной скорой помощи Главного управления здравоохранения Мосгорисполкома.
1978-1980 гг. - служба в Советской Армии, воздушно-десантные войска, участник военных действий в Афганистане в 1979-1980 гг.
1980-1981 гг. - слушатель подготовительного отделения 2-го Московского Государственного медицинского института (МОЛГМИ) им. Пирогова.
1981-1991 гг. - студент 2-го Московского Государственного медицинского института (МОЛГМИ) им. Пирогова (с 1991 г. переименованного в Российский государственный медицинский университет им. Н. И. Пирогова). Учился на дневном отделении, но при этом работал, в том числе 2 года в г. Кургане в клинике академика Г. А. Илизарова.
1982-1985 гг. - медбрат реанимационного отделения Городской клинической больницы № 1 им. Пирогова.
1985-1986 гг. - медбрат травматологического отделения Городской клинической больницы № 1 им. Пирогова.
1989-1990 гг. - медбрат реанимационного отделения Городской клинической больницы № 64.
1991-1996 гг. - старший лаборант кафедры анестезиологии и реаниматологии 2-го Московского Государственного медицинского института (МОЛГМИ) им. Пирогова, переименованного в 1991 г. в Российский Государственный медицинский университет.
1996-1998 гг. - врач-консультант ООО "Нокформ".
1998-1999 гг. - врач-консультант ООО "Фирма "Ардель".
2000-2001 гг. - врач-консультант ООО "Декорт С".
2002-2005 гг. - врач, заместитель руководителя (главного врача) по медицине ФГУП Санатория "Энергия" Министерства образования РФ.
С 2005 года занимается работой с населением.
2005-2007 гг. - ведущий специалист Фонда молодежных программ Московского энергетического института.
С 2007 г. - секретарь общественной приемной при префекте ЦАО района Замоскворечье
С 2011 г. - руководитель исполкома Арбатского местного отделения партии "Единая Россия"
Март 2012 - сентябрь 2022 гг. - руководитель муниципального образования Арбат ( с 2013 г. - глава муниципального округа Арбат)
Женат. Дети: Максим (1984), Андрей (1987).
2 марта 2008 г. - избран депутатом Замоскворецкого муниципального Собрания
4 марта 2012 г. - избран депутатом Арбатского муниципального Собрания
На выборах Мэра Москвы в 2013 году поставил подпись (как муниципальный депутат) за выдвижение С. С .Собянина, выдвинутого в порядке самовыдвижения
10 сентября 2017 г. - избран депутатом Арбатского Совета депутатов
На выборах Мэра Москвы в 2018 году поставил подпись (как муниципальный депутат) за выдвижение С. С. Собянина, выдвинутого в порядке самовыдвижения.
9-11 сентября 2022 г. - избран депутатом Арбатского Совета депутатов по избирательному округу № 1 (5 место из 12).
17 ноября 2022 г. - полномочия депутата прекращены досрочно по собственному желанию.
Государственные награды:
медаль "Защитнику свободной России"
Прочие награды:
медаль "Участнику локальных конфликтов" (от Комиссии по награждению общественными наградами и памятными знаками) (2008).