Евгений Самуилович Варга родился 6 ноября 1879 г. в Будапеште в семье учителя. Еврей
Окончил Будапештский университет (1909) со степенью доктора философии.
В годы учёбы в университете серьёзно изучал произведения теоретиков марксизма, участвовал в социал-демократическом движении в Австро-Венгрии и Германии, с 1906 был членом венгерской социал-демократической партии, примыкал к её левому крылу. Сотрудничал в теоретических органах социал-демократической печати; развернул активную дискуссию с идеологом австромарксизма Отто Бауэром на счёт инфляции в Австро-Венгрии. До Первой мировой войны некоторое время поддерживал центристскую позицию в среде европейской социал-демократии, ориентируясь на труды Карла Каутского; в 1914 осудил её как оппортунистическую и встал на антивоенные позиции Ленина и Люксембург.
С 1918 г. профессор политической экономии в Будапештском университете.
Участвовал в буржуазно-демократической и социалистической революции в Венгрии. После установления советской власти в стране в 1919 — народный комиссар финансов, а затем председатель Высшего совета народного хозяйства Венгерской советской республики. После её разгрома войсками адмирала Миклоша Хорти эмигрировал вначале в Австрию, а затем — Советский Союз. В 1920 вступил в компартию. С первых лет существования Коммунистического Интернационала (Коминтерна) был одним из его активных деятелей. Он встречался и переписывался с В.И.лениным, был делегатом 4, 5, 6-го конгрессов Коминтерна, участником пленумов его Исполкома, на которых выступал с докладами и речами. В 1922-1927 также работал в торговом представительстве при советском посольстве в Берлине.
В 1921-1927 руководитель Статистико-информационного института ИККИ в Берлине (т. н. Бюро Варги).
В 1927-1947 — директор Института мирового хозяйства и мировой политики (ИМХМП) АН СССР — научного учреждения, которое, согласно постановлению ЦК ВКП(б) от (1931), стало центром исследований и разработок в области мировых экономических и политических проблем. Постоянными "заказчиками" материалов Института был И.В.Сталин, В.М.Молотов, ЦК ВКП (б), Совнарком, Наркоминдел, Наркомвнешторг.
Заслужил уважение Сталина, когда вначале предсказал наступление мирового экономического кризиса 1929-1933 (когда большинство аналитиков были уверены в стабилизации капитализма), а затем — его окончание (когда в Коминтерне доминирующей была точка зрения о скором крахе капиталистической системы).
Успешно совмещал научно-исследовательскую и организационную работу в АН СССР: был членом Президиума АН СССР, главным редактором журналов "Мировое хозяйство и мировая политика", "Конъюнктура мирового хозяйства" и "Проблемы политики Китая". В 1939—1946 был академиком-секретарем Отделения экономики и права. В 1945 был экспертом советской делегации на Ялтинской и Потсдамской конференциях.
Евгений Варга, наряду с Николаем Кондратьевым, Николаем бухариным и Евгением Преображенским, принадлежит к числу первых советских экономистов с всемирно известным именем. Отмечается его вклад в развитие экономической теории: в изучение основных тенденций мирового капиталистического хозяйства (теория и история экономических циклов и кризисов), теории денег, аграрных проблем, мировой экономической конъюнктуры.
В 1946, анализируя успехи кейнсианской политики в преодолении результатов "Великой депрессии", в своей работе "Изменения в экономике капитализма после Второй мировой войны" поднял проблему временного смягчения противоречий капиталистической системы с помощью государственного вмешательства в экономику (государственно-монополистический капитализм). В результате в 1947 деятельность академика Варги и его Института была подвергнута резкой критике в партийной печати (журнал "Большевик"). В том же году решением Политбюро ЦК ВКП (б) Институт был ликвидирован. Его руководство было обвинено в ошибках идеологического характера и неправильной кадровой политике (в рамках начавшейся "борьбы с космополитизмом"). Закрытие Института было связано также с ужесточением внешней политики СССР в связи с начавшейся холодной войны, востребовавшей более агрессивных критиков Запада, чем сотрудники ИМХМП.
После смерти Сталина работал в созданном в 1956 Мнституте мировой экономики и международных отношений (ИМЭМО) РАН, считающим себя продолжателем традиций ИМХМП.
Умер 7 октября 1964 г. в Москве
Академик АН СССР (1939). Академик АН УССР (22.02.1939). Лауреат Ленинской премии (1963).
Долгое время Варге приписывалась авторство рукописи ходившей под названиями "Российский путь перехода к социализму и его результаты", "Завещание Варги", "Вскрыть через 25 лет", содержащей резкую критику сталинизма, в которой в частности утверждалось, что "Советский Союз превратился в государство, в котором полностью правит господствующая бюрократия", однако в 1994 стало известно, что она была написана не им, а профессором МГУ Г.Н.Поспеловым.
Дочь — Мария Евгеньевна Варга (замужем за физиологом Яковом Матвеевичем Крессманом).