Семья жила на Арбате в собственном доме № 26 по современной нумерации), потом дом был перестроен под театр и разрушен в ходе немецкой бомбардировки.
Получил домашнее образование вместе с братом Сергеем под руководством Н. В. Сперанского, увлекался естественными науками
В 1891 году вместе со своим младшим братом Сергеем Сабашников начал финансировать издание книг своих домашних преподавателей, а в 1897 году они организовали в Москве книжное издательство, названное "Издательство М. и С. Сабашниковых", которое в общей сложности выпустило около 600 книг.
В 1892, сдав экстерном экзамены за полный курс гимназии, поступил на естественное отделение физико-математического факультета Московского университета, который окончил в 1896 году. Ученик М. А. Мензибра, занимался научной работой вместе с Н. К. Кольцовым и А. Н. Северцовым. Сравнительную эмбриологию изучал частным образом у профессора В. Н. Львова. Сабашников сохранял связи с Московским университетом и после его окончания, выпуская в своём издательстве книги многих университетских учёных и тем самым поддерживая авторов материально.
С 1896 года — совладелец сахарного завода в Курской губернии. М. В. Сабашников был директором-распорядителем и председателем правления "Товарищества Любимовского свеклосахарного завода", членом администрации Богородицкого и Товарковского сахарных заводов графа В. А. Бобринского (в Тульской губернии), заместителем председателя администрации, учрежденной по делам Кондитерской фабрики и "Товарищества на паях А. И. Абрикосова сыновей" в Москве (1907), членом правления Всероссийского общества сахарозаводчиков (1900), выборным Московского биржевого общества (1915—1918).
М. В. Сабашников активно занимался политической деятельностью, с 1902 года был членом сначала "Союза освобождения", затем партии кадетов (с 1905 года — член ЦК этой партии, с 1906 года — главный партийный казначей).
Был гласным Покровского (Владимирской губернии) и Суджанского (Курской губернии) уездных земских собраний.
В 1913 и 1917 годах избирался гласным Московской городской думы
Активно занимался общественной деятельностью, работал во Всероссийском Союзе Городов, был председателем правления Народного университета А. Л. Шанявского.
После Февраля 1017 г. вновь вошёл в состав ЦК партии кадетов, активно участвовал в работе Государственного совещания. После прихода к власти большевиков он принимал активное участие в деятельности подпольной антисоветской организации "Девятка". В 1918 году был арестован первый раз; освобождён по поручительству большевика М. Ф. Владимирского, в 1920 году арестовывался ещё дважды. С июля 1921 года был членом правления и казначеем Всероссийского комитета помощи голодающим и в этом же году, вместе с членами Комитета, арестован в четвёртый раз. Но всякий раз выходил на свободу.
Продолжил заниматься книгоиздательством с момента возрождения в период НЭПа деятельности своего издательства. В 1930 году арестован в последний раз и в этом же году "издательство М. и С. Сабашниковых" было ликвидировано и преобразовано в кооперативную промысловую артель "Север". С 1934 года он работал ответственным редактором в артели "Сотрудник", печатавшей учебные пособия, чертежи и т.п.
Умер 12 февраля 1943 года, похоронен на Новодевичьем кладбище Москвы.
Жена — София Яковлевна, урождённая Лукина (1870—1952). Сын — Сергей(1898—1952), издательский работник, технический руководитель кооперативного товарищества "Сотрудник" Управления промкооперации при СНК СССР, арестован 18 сентября 1943, 8 апреля 1944 года осуждён ОСО при НКВД СССР на 10 лет ИТЛ. Срок отбывал в Заярске, Тайшете, Находке. 30 июня 1952 арестован по обвинению в террористической деятельности осуждён Военной коллегией Верховного суда СССР к расстрелу.
Дочь — Нина Михайловна (1900—1990), замужем (с 1926) за Г. Я. Артюховым (1894—1971), агрономом по образованию, пропагандистом фотоохоты, автором книг.
Дочь — Татьяна Михайловна (1903—1979)
Сочинения:
Воспоминания. — М.: Книга, 1983
Воспоминания. — М.: Книга, 1988
Записки Михаила Васильевича Сабашникова. — М.: Изд-во имени Сабашниковых, 1995. — 592 с. — (Записи Прошлого). — 15 000 экз.
Записки. Письма. — М.: Изд-во имени Сабашниковых, 2011
Письма. Дневники. Архив. — М.: Изд-во имени Сабашниковых, 2011